"3096 ימים" מספר את סיפור חטיפתה של נטשה קמפוש אשר נחטפה בגיל עשר בשכונת מגוריה בווינה, והוחזקה כבת ערובה במרתף ביתו של וולפגנג פריקלופיל.

וינה, 2 במארס 1998. נטשה קמפוש בת העשר נגררת למכונית מסחרית לבנה על ידי מהנדס תקשורת מובטל, וולפגנג פריקלופיל, בדרכה לבית הספר. החוטף אינו דורש כופר – הוא רוצה להחזיק בילדה כבשלו. מתחת לביתו, בשכונה של המעמד הבינוני, בנה פריקלופיל תא סודי לכליאתה. חלל זה, בן שניים על שלושה מטרים רבועים, יהיה תא הכלא הקודר של נטשה בשמונה וחצי השנים הבאות: ספרים, עוגיות שהיא אוהבת ונשיקות לילה טוב משמשים לריכוך האלימות, ההשפלה וההרעבה התמידית. אבל הכלא הזה אינו שובר את רוחה של נטשה קמפוש – הוא מחזק אותה. כל יום, כל נשימה היא צעד קטן נוסף בדרך אל החופש.