קובו חי את חיו השקטים בכפר קטן על גדות הנהר ביפן, שלוות חייו מופרת כאשר רוח מן העבר משנה את חייו ומעוררת מחדש נקמה עתיקת ימים. כתוצאה מכך קובו נרדף על ידי שדים ומפלצות. במהלך הרפתקאותיו קובו מאחד כוחות עם הקוף (בקולה של זוכת פרס האוסקר שרליז ת'רון) והחיפושית (בקולו של זוכה פרס האוסקר מת'יו מקונהיי) ביחד מנסים לפתור את תעלומת מותו של אביו האגדי של קובו.
כדי לפצח את הסוד של מורשתו, להתאחד עם משפחתו ולהגשים את יעוד גבורתו, חייב קובו למצוא את חליפת שריון הקסמים של אביו הסמוראי